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超神话体系里，除了目前已知的四代神灵外，还有其他的神灵体系，虽然在原著中所见不多，但还是有只言片语描述的。
这其中，涉猎最多的可能就是罗马神系了。
因为在原著中所占篇幅略广，所以动画公司还专门制作了《圣斗士星矢Ω》版本，来容纳罗马神系的内容。
罗马神系神灵较少，但实力不弱。
为首者萨图恩，罗马神话中的超神，居住在时空尽头，支配一切时空，所有维度，无限次元的时刻之神，所有时空的霸主。比最初的虚无都古老，永劫不灭的存在。萨图恩身穿号称最强的刻衣，装备着最强圣剑「真·永劫轮舞」。视人类为“反抗并且打倒神的不祥的存在”。为了解人类为何物，改变身姿，把记忆封印，化身为一个人类（昴）降临在这个世界。借助吸收来的雅典娜和帕拉斯的小宇宙，以及司掌死亡与再生、破坏与创造的两条衔尾蛇的力量，昴解开封印，作为萨图恩觉醒了。
他圣斗士星矢Ω的主角之一兼最终BOSS，超越并支配过去·现在·未来所有时空的时刻之神，在永劫的时空里生存下来的不灭的存在，所有时空，任何多元宇宙，三千大千世界都不存在相同的，仅有一位的独一无二的神明。
因为人类不断杀死神明，甚至连宇宙的创造神阿普斯都消灭了，因此，为了解人类为何物，而改变自己的姿态，封印自己的记忆，化身为昴降临于地球。
据萨图恩所说，他支配着所有时空，而每一个时空都有数十亿不同的多元宇宙。剧情发生的宇宙是第两亿九千零五万零一百二十九号宇宙，除此之外的宇宙都被玛尔斯或其他神明所支配，只有这个宇宙的光牙不仅打败了玛尔斯，甚至成功消灭了阿普斯。所以他才会来到这个宇宙。他是刻斗士真正的首领，临行之际将照顾帕拉斯和统领刻斗士的任务托付给泰坦。
在每一个时空诞生之初，连世界，神都不存在，但在虚无中已经诞生了众多创世神，甚至是绝对神，他们每一位都有着创造宇宙与诸神，衍化出神话的力量，可称得上神话之祖。
阿普斯正是这些根源神中的佼佼者，创造出多重宇宙和人类的暗之绝对神，圣斗士星矢Ω主线剧情所发生的宇宙也是阿普斯所创的世界之一。所以阿普斯的死亡是萨图恩对人类感兴趣并来到这个宇宙的主要原因。
萨图恩与柯罗诺斯的设定非常相似，除了二者“有无实体”的区别之外，设定几乎完全相同：二人的称号都是“无尽时空的霸主”，在《圣斗士星矢Ω》和《冥王神话ND》中都强调过“能掌控时间的神只有一个”，即使希腊神话十二主神中被誉为全宇宙最强神的阿波罗，也只能观测时间不能操控它。同时也都有“无数多元宇宙和次元中唯一存在”的设定，暗示两者之间存在某种关系，而柯罗诺斯是概念神，所以没有实体，萨图恩即是柯罗诺斯创造了永劫不灭的实体之后降临的姿态，也就是降格显化。
萨图恩是罗马神话中的朱庇特之父，而《大圣战史》中也有柯罗诺斯“因名字与泰坦神王克洛诺斯相似而被误认为是宙斯之父”的解释。综合来看，萨图恩和柯罗诺斯即是一体的，是超神的两种不同表现形式。
在圣斗士星矢GA中曾提到，每一个时空中有多到难以计数的多元宇宙，每一个多元宇宙都是由数十亿不同的宇宙、世界所组成，而宇宙又象枝叶一般分岔开来，无限延伸出相似的平行宇宙。不同的宇宙、世界、多元宇宙之间是紧密相连的存在着，相互之间仅仅只是未能注意到那个边界罢了。同时这一切都是刻之神柯罗诺斯（萨图恩）所掌管的力量。
柯罗诺斯用来计算时间的沙漏，总数无法计算，每个是超越时空的存在，沙漏内运转着永劫的时空，每一粒沙都是无数大宇宙，亦可以说整个圣斗士大世界都包含在其中。星时计并不是单指一个沙漏，而是浸染了柯罗诺斯力量的所有沙漏都被称为星时计，因此这些沙漏本身本无特殊之处，只是因为柯罗诺斯的力量而变得伟大，就像普通的水杯被雅典娜喝过水后，就变成了可以治疗一切伤痛疾病，还能在水杯中看见未来景象的圣杯，道理是一样的。有无数个沙漏存在，就有无数个大世界。
玛尔斯，罗马神话的战神，火星的守护者，操纵全宇宙的黑暗战斗，身穿名为“银河衣”的战衣，原名路德维希，企图毁灭地球创造新世界，最后通过伊甸的劝说而悔悟，期间遭到不明力量的杀害。根据动漫剧情，前期足以与弑杀诸神的天马座匹敌，后期受到阿普斯的附身而增幅力量，明确表示凌驾雅典娜之上。不知为何被火星所引导，疑似阿普斯在操控一切。
过去曾为了大地的支配权狙击雅典娜，和星矢展开了激烈的战斗。在纱织身体上留下了魔伤。从外表看不到其真实容貌。执著于小宇宙，即使是对手燃烧小宇宙也会欣喜若狂。如今率领属下的斗士火星士，从封印之中复活并再次开始攻打大地。笼络了山羊座的伊奥尼亚和狮子座的迈锡尼两位黄金圣斗士为他效力，宣称雅典娜已委任他为大教皇，命令角力学校的学生们宣誓效忠，违抗者格杀勿论。随后更将圣域十二宫全部摧毁，在废墟上建造巴别塔，吸收来自世界各地的小宇宙。
杀害阿莉娅之后利用其权杖建立新十二宫并集结了黄金圣斗士，企图改变火星轨道使地球堕入黑暗。
原名路德维希，与处女座黄金圣斗士不动和狮子座黄金圣斗士迈锡尼关系甚好。曾透露自己为何将地球变成黑暗的原因，从前，他只是一个名叫路德维希的人类企业家，他关心身边所有人，本该与贤妻爱女共享天伦之乐，但人类的堕落害死了他的爱妻米莎，打碎了他原本美好的家庭，“米莎犯了什么罪吗？”米莎犯了什么罪吗？又有什么事因米莎的死而好转吗?“沉重的打击使他对现世绝望，使他认为在雅典娜的掌司下人类只会恶性循环，于是，他化身为战神玛尔斯，决定为终结旧世界，创建新世界而拼尽全力，只要能创造他心中的理想世界他将死而无憾。
后经过伊甸的劝说而后悔，但玛尔斯正准备用最后的力量拯救地球的时候，然而错过距离地球陷入黑暗的时间，玛尔斯遭到了不明力量的杀害。在圣斗士系列中的想改造世界的反派里，哈迪斯是最冷酷的，亚伦是最悲情的，而玛尔斯则是最让人义愤填膺的。
然后是丘比特，罗马神话中的小爱神，维纳斯和玛尔斯的儿子，圣斗士星矢极乐净土篇中被死神塔纳托斯提及，一个非常喜欢恶作剧的神明。因为出场太少，几乎没有，所以就不多说了。
罗慕路斯，与孪生弟弟雷穆斯同为罗马神话中的奠基人，罗马首位国王，为神话时代的战神玛尔斯之子。玛尔斯最初侵略地球时与雅典娜率领的圣斗士战斗的四天王中的其中一位，其力量凌驾于黄金圣斗士之上，曾把传说的圣斗士们打至绝境、受到雅典娜化身沙织的攻击陷入漫长的睡眠。作为一名战士、也是四天王的队长、土属性的小宇宙、可以操控大地的意志。
在军神玛尔斯最初的对地面的侵略战争中，与雅典娜率领的传说的圣斗士星矢他们交手的玛尔斯四天王的一人。力量凌驾于黄金圣斗士之上，曾将传说中的圣斗士们逼入困境。不过，在雅典娜介入战争之后战局逆转，四天王受到雅典娜的力量攻击而陷入漫长的沉睡之中。后被双鱼座黄金圣斗士阿莫尔召唤出来与苍摩等人交手，强横的力量几度压制苍摩等人。最后被苍摩、龙峰和荣斗三人的最强招式融合攻击下一击毁灭。
巴克斯，罗马神话的酒神。玛尔斯最初侵略地球时与雅典娜率领的圣斗士战斗的四天王中其中一位，其力量凌驾于黄金圣斗士，曾把传说的圣斗士们打至绝境、受到雅典娜化身沙织的力量攻击陷入漫长的睡眠。人如酒神名号一样、战斗之中，其特征是越喝酒小宇宙越能提高、四天王中力量第一的战士，精通所有格斗技，战斗中使用跟醉拳类似的格斗术和操纵水。
狄安娜，罗马神话月神、狩猎女神。玛尔斯最初侵略地球时与雅典娜率领的圣斗士战斗的四天王其中一人，其力量凌驾于黄金圣斗士之上，曾把以星矢为首传说的圣斗士们打至绝境、受到雅典娜化身城户沙织的攻击陷入漫长的睡眠。四天王中唯一的女神、手持名为「小宇宙之弓」的强大武器，在一瞬间释放无数的箭矢，让星矢为首的传说中的圣斗士们遭遇苦战。可自由自在操控的风的属性、即便是在遥远场的敌人也绝对能捕获。
武尔坎努斯，罗马神话的火神。玛尔斯最初侵略地球时与雅典娜率领的圣斗士战斗的四天王其中一位，其力量凌驾于黄金圣斗士，曾把传说的圣斗士们打至绝境、受到雅典娜化身城户沙织的攻击陷入漫长的睡眠。操控强大的火属性小宇宙、向敌人燃烧、这份燃烧的炎热、即便是能冻结一切物质的绝对零度也冻结不了，精通一切武器，可以让炎之锁链变化成各式各样的武器攻击敌人。
以上这些是罗马系神灵。
这还没完。
比罗马西略差的，是北欧系，就是以奥丁为首的神斗士，这个就暂且不说了。
然后就是圣经神系，这个神系其实很简单。圣经中能被称为神的只有一位，那就是上帝耶和华，但圣斗士星矢世界观是超神话，所以路西法、别西卜等虽然被称为天使，但也是设定肯定的真正的神明。
神耶和华，上帝耶和华，圣经中记载的创造所有现实与多元宇宙和世间万物的神。
他下面则是一帮天使，排名第一的，就是路西法。
堕落天使路西法，晨耀之星，黎明之子，原是神之子，被这个世界的创造神赐予无上美貌与知性。因想要超越神而被大天使米迦勒打落魔界，成为了魔界之王，也就是后世圣经中记载的拽三分之一星辰从天而降的魔王·撒旦。从神话时代起三次率领圣魔天使大军支配全宇宙，并企图获得神以上的地位，却被大天使米迦勒，希腊神话的雅典娜，中国的摩利支天分别打败并封入魔界。
炽天使别西卜，最强的圣魔天使。别名“空之军神”。策骑着可在空中飞翔的鬼面马，也可以将自身蓝色的头髪像翅膀般展开在天空自由飞舞。他的拳头被称为“将敌人送入地狱的神圣之翼”。他将紫龙击败，又将赶赴雅典娜身边的星矢赶入绝境，但后来被穿上射手座黄金圣衣的星矢看破了他的拳法，中了天马彗星拳而被消灭。
座天使摩雅，别名“美丽的灵魂猎人”。容姿美丽而举止优雅，会让对手看到他最思念的人都幻影，然后隐藏在幻影下以光速拳攻击对手的残酷的天使。幻化成冰河的母亲“娜塔莎”对冰河步步追击，但被切断对母亲思念下的冰河用极光雷电攻击消灭。
力天使埃力格，别名“黄金螳螂”。用面具掩盖真面目的奇怪的男人，攻击时习惯发出怪异声音。能一击打倒黄金圣斗士。他放出的杀气让人感觉不到他是天使，他的双爪甚至连瞬的绝技“星云蜘蛛网”也切碎。在将瞬逼入绝境时，千钧一发之际一辉出现相救，并中了一辉的幻魔拳，看见被自己斩首的一辉断头口中喷出无数毒虫侵袭自己的幻觉而错乱，再被贯穿身体而消灭。
智天使阿斯塔罗杰，别名“双头白蛇王”。传说在《旧约圣经》里曾诱惑亚当和夏娃，与别西卜一起当在潜入伏魔殿的星矢等人面前，并和紫龙交手。之前曾与亚斯特罗交手的星矢将他的招式告诉了紫龙，被紫龙看破他的拳，依然以自己的绝技“亡灵眼镜蛇”粉碎了紫龙的盾并贯穿紫龙的身体，但最后被紫龙拼死打出的升龙霸消灭。
大天使米迦勒，粉碎了路西法阴谋，并将打入其魔界的大天使，西方神话里权利最高的大天使，是所有天使们的首领。
这些，就是超神话里面，比较重要重要的神灵系别了，其他的神系也有，只不过规模就相对要小，神灵的数量也就相对少得多了。