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“有一个很危险的家伙，我一直都在犹豫，要不要将他复活并加入到我们的阵营中来。”塔尔塔罗斯对着迪亚波罗和泰坦说道。
“究竟是个什么样的家伙，能让你这么的纠结？”迪亚波罗不解的问道，旁边的泰坦也一样充满了好奇。
“他的力量，绝不再我们这里的任何人之下，所以就比较的难以下决定。”塔尔塔罗斯回答道。
听到这里，迪亚波罗和泰坦都露出了更匪夷所思的表情，相互看了对方一眼。
“他的历史，也不是简单的就能够说的清楚的。”
说到这里，塔尔塔罗斯开始向两个伙伴就这个危险的角色，将故事娓娓道来。
古代，M80天蝎座球状星云被异生兽袭击，濒临毁灭时被诺亚奥特曼给拯救了，后来“来访者”们为对抗异生兽利用诺亚奥特曼在战斗中留下的基因克隆出的终极兵器，黑暗扎基在消灭异生兽的过程中渐渐有了自我意识，于是想要去消灭自己的原型诺亚奥特曼。
无奈之下，来访者发动了超新星爆炸，黑暗扎基借着爆炸的力量来到了奥特兄弟的世界，黑暗扎基复活了怪兽墓场里的异生兽胡作非为。佐菲、初代、赛文前来阻止，却被黑暗扎基轻松打倒，此时诺亚奥特曼出现，起初以绝对优势压倒诺亚。
最终诺亚展现出了奇迹开启诺亚之翼，黑暗扎基在与诺亚奥特曼的战斗中被诺亚奥特曼使用诺亚·最终封印。
而space beast(异生兽)是从宇宙飞来地球的谜之“异生兽”，极秘的确认具有复数类型存在。在活动状态的时候时候会发出一种特殊的能源“异生兽振动波”（可以做到情报共享）。具有恐怖的生命力，通过吸收对手的能力和情报进行强力的进化。但是普通人并不知道他们的存在。
所谓的异生兽，便是以信息集合体的形态来到地球的异生兽基因，依附在地球的生命体上后实体化的产物。恐怖的是，异生兽不属于任何生态系统，存在的意义便是捕食其他生命。与字面意思相同，真真正正的“异生兽”。
并且异生兽和过去的奥特曼里登场的怪兽不一样，其出身是在新宿事件中中大暴走的THE ONE。
和以往的恐龙异常进化=怪兽的系谱是划清界限的存在。从视觉中可以感受到比怪兽更黑暗更魔性，捕食人类不仅是为了满足食用的欲望，更是为了吃尽人类内心的黑暗、憎恨，恐惧心理，转变为让自己强大的行为。
也是实现了独自的进化的生物，以人类所抱有的情感恐惧为食，持有捕食人类和增殖的特性，space beast所有设计都出自于西泽安施。
西泽对space beast设定的解释是：在地球的怪兽是古代生物的进化，space beast是和地球生物不一样的独自进化出来的宇宙生物。创作理念是beast要追求人类真实的恐惧感，因此space beast令人感到毛骨悚然和丑陋。
黑暗扎基十八年前时来到地球使用凭依能力强行附身山冈一，并且连山冈一的思想也占据控制，更杀害了西条凪的父母（由于被黑暗扎基附身所以十八年过去了也没有老化）。之后，黑暗扎基篡改了山冈一的所有相关资料，给自己取名为石堀光彦而潜入夜袭队作为卧底，等待自己复活的时机。
黑暗扎基吸收了西条凪的光复活后对全世界都造成了很大的灾难，异生兽因子全部活性化，欧美等地区发生了火灾等灾难，西伯利亚地区连续发出了紧急信号。
奈克斯特·奥特曼消灭了异生兽THEONE的5年后。THE ONE的碎片散落到世界各地，化成不同的异生兽。
为了应付异生兽，人类成立了TLT与之对抗。
孤门一辉是TLT的新成员，正当孤门前往TLT的基地时，他遇上了异生兽袭击，幸得奈克赛斯·奥特曼相救，这便是孤门与奈克赛斯的初次邂逅。当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克赛斯，但西条凪副队长却认为他是异生兽，对他展开了攻击，且亦得到说明者CIC的认同，孤门对于此举大感不解，对工作感到迷失。
随后，异生兽们竟学会了进化，变得相当巨大，奈克赛斯便变成红色青年形态，并展开亚空间“美塔领域”进行战斗，这个空间就连夜袭队的铬金切斯特战机也不能进入。
就在世人一无所知的情况下，奈克赛斯奥特曼默默无闻的把异生兽消灭。
在一次战斗中，奈克赛斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克赛斯。
这时姬矢只好召唤适能者专用的飞行物体逃走，孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。
这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击。这黑暗巨人不但能力与奈克赛斯相同，更可化解“美塔领域”，变成“黑暗领域”，令奈克赛斯陷入苦战之中。这巨人正是黑暗浮士德。
此时夜袭队开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体成为强击切斯特便可突入“美塔领域”。对于奈克赛斯而言可谓多了一个可靠的战友。
一天孤门去到女友莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况不对。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去。
原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德。
两人展开最后的战斗，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡下这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷。当孤门回到真实空间时，莉子已陷入濒死状态，无奈的孤门只好抱着她、看着她化成光消失于眼前。
浮士德事件的幕后黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也。
数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯特结合，得到了黑暗巨人的力量，展开多场残酷的死亡游戏折磨着姬矢准和夜袭队。