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却说神农自得到丹书之后便开始研习，却不免冷落了家人，神农有个小女儿名叫女娃，最得神农喜爱，却也是非常懂事，他见父亲忙碌便也不去打搅，只和部落中的小孩一起玩耍，一日女娃出门玩耍，却看见一个大孩子把小孩子当马骑。小孩都累爬下了，大孩子还不肯罢休。
精卫走过去，指着大孩子的脑门怒斥道："你这个人太不知羞耻，欺负小孩子算什么本事，有力气，去打虎打熊，人们会说你是英雄。"
大孩子见精卫是个小姑娘，生得单薄文弱，根本不把她放在眼里。他从小孩背上跳下来，走到精卫面前说："我是海龙王的太子，你是什么人？竟敢来管我！"精卫说："龙王的儿子有什么了不起，我还是炎帝神农的女儿呢，以后你少到陆地上撒野，小心我把你挂到树上晒干。"龙王的儿子说："我先让你知道知道我的厉害，往后少管小爷的闲事。"说着动手就打。
不料女娃却是天生不凡，又曾得神农传授上清大法，那龙王太子却不是对手，龙王太子子见打不过精卫，只好灰溜溜地返回大海。过些天，精卫到海中游泳，正玩得十分开心，刚巧让龙王太子发现了。他游过来，对精卫说：哪天在陆地上让你捡了便宜，今天你跑到我家门前，赶紧认个错，不然我兴风作浪淹死你。"精卫倔强地说："我没错，认什么错。"龙王太子见精卫倔强，根本没有服输的意思，立即搅动海水，掀起狂风恶浪，精卫来不及挣扎，就被淹死了。
精卫死后，变成一只红爪白嘴的小鸟，立志要把大海填平。她用嘴衔来石头与树枝投向大海，并发出"精卫，精卫"的叫声，像是在激励自己。她年年月月，永不停歇。那龙太子却是不知此事已为他龙宫埋下了祸根，日后差点让他龙族灭族。
神农听说女娃掉到海里淹死了极为悲痛便做歌曰：精卫鸣兮，天地动容！
山木翠兮，人为鱼虫！
娇女不能言兮，父至悲痛！
海何以不平兮，波涛汹涌！
愿子孙后代兮，勿入海中！
愿吾民族兮，永以大陆为荣！
神农伤心幼女之死无法视事，容颜也日渐憔悴，众臣民极为着急，却是无法可想。一日有人对神农说道：“您的老师清虚道君乃是有大法力的神人，您为什么不去求他呢？或许清虚道君可以救活女娲也未可知。”神农一听眼前一亮忙驾云来到王屋山求见清虚。
此时正在上清观内打坐的清虚轻叹一声，睁开双眼对白翎说道：“白翎，你去告诉神农，女娃之事我已知晓，却是女娃命中当有此一劫难，劫数满了自可脱身。”白翎出洞府将清虚所说告诉神农，神农顿时化悲为喜，问道：“老师可说我儿何时可脱劫难？”白翎说：“这个老师倒是未说，想必是时候未到吧。”神农虽说依然有些悲伤，但想到女儿迟早会脱劫，自己父女还有相见之时顿时不是那么悲伤了，忽然想起这些日子因为女娃之事荒废了许多时日，不由暗道一声惭愧，忙向白翎告辞回部落去了。
神农回到陈地便继续研习丹术，花费数年时间终于在炼丹之术上略有所得，炼制出了一些可以治病的丹葯，神农很高兴，将所有自己领悟出来的东西都交给了愿意学的族民。
清虚自将公孙轩辕带到王屋山之后，便以万年石钟乳为其洗髓阀骨，喝的是琼浆玉液，吃的是灵芝仙果，每日为孔宣讲道时便让白翎将轩辕抱在一边听讲。不过两年时间轩辕便有常人十五六岁大小，清虚便让轩辕每日清晨随孔宣习练武艺，然后与孔宣一起听清虚讲那上清大法，晚上便随清虚学习兵法策略，及农林牧耕之术。
匆匆十多年时间便过去了，轩辕也长到十五岁了。这一日清虚将轩辕叫来说道：“为师当年与你父相商，你上山学艺十五年便让你下山回家，如今十五年时间已到，你收拾下山去吧。你父乃是轩辕丘有熊部落首领少典。”轩辕问道：“不知弟子何时可再见老师？”“有缘自可相见，修做儿女之态速速去吧！”
轩辕叩首拜别道：“老师，弟子去了。”说完便出了上清观驾云向轩辕丘飞去，从王屋山到轩辕丘路程虽然颇远，但轩辕这些年受清虚悉心教导，且自身也是天赋异禀，短短十来年时间便已达到天仙道果。从王屋山到轩辕丘不过数天时间便已到达。
轩辕到达轩辕丘后便直接向族长住处行去，却一时迫不及待的想见到父母，虽然轩辕已然达到天仙境界，但毕竟还是一十五岁少年。轩辕走到族长的屋前对守在门口的部落战士说道：“请这位大哥进去通报一声，就说十五年前离家之人回来了。”
此时的官员却是还没有后世那许多规矩，那战士虽看轩辕一身道袍有些奇怪，但还是让轩辕稍待，自己进去向族长通告。一会只见从大屋中跑出一群人，有老又少、有男有女。一妇人跑出便将轩辕抱住说道：“我的儿你可回来了，为娘还以为以后再见不到你了。”说完便一阵哭声。轩辕见状便知乃是自己的生母附宝夫人，忙轻声安慰。这时就听见有人说：“好了，轩辕都回来了，附宝你就不要哭了。”轩辕知道这应该就是自己的父亲少典，忙上前拜见。
少典将轩辕接入屋中便迫不及待的问道：“轩辕，不知清虚仙长交给你什么本事？”轩辕答道：“老师交给我上清仙法，兵书战策以及农林牧耕之术。”少典闻言大喜，说道：“轩辕，为父已经老了，部落中有些事已经心余力绌了，你既然从仙长那里学来这么多能耐，那么为父就将这族长之位传与你。”
轩辕说道：“就怕族人见我年少不服于我。”少典道：“我儿过虑了，清虚仙长乃是两代帝师，你是清虚仙长的弟子，他们有怎么会不服你。”轩辕听父亲如此说便回道：“既然如此那我就接下这族长之位，用老师教授的知识造福族人。”又不由想道：“原来老师在人族中有这么大得名望，一定要好好干出点成绩来，却不能让我将老师的面皮丢了。
数日后少典便在周围几个部落的见证下将部落首领的位置传给轩辕。