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身为辽东巡抚的袁崇焕自然知道他不是真正的想要休战，只是为缓口气的权宜之计，但因大明军士也需要停下来休整一番，便同意了和议。
不过，私下里却加紧了下一步两军交战的准备。
果不其然，短暂的和平仅维持了九个月，在次年天启七年的五月，那皇太极便主动撕毁了合约书，兵分三路南下，于五月十一行至宁远附近的锦州，在距城一里远处，四面扎营布兵，将锦州城团团包围。
袁崇焕料定他的目标并非锦州，而是宁远，便没有亲自去解锦州之困，而是派部将带领四千骑兵前往援救，自己则留守宁远。
果然，援兵刚刚出城，尚未出发，皇太极已分出兵力前来攻打宁远。
为了鼓舞士气，袁崇焕亲上城楼督军守城，用红衣大炮猛击敌军，外加有城外准备前去锦州救援的四千骑兵的襄助，不久便将女真军打得落荒而逃。
皇太极不甘心就此败退，把剩余的人马又撤回至锦州，欲想攻打锦州城。
然而，由于锦州城被大明将士守得严严实实，固若金汤，无从下手，加之时已至盛夏，天气炎热，手下军士士气低落，没有胜算，只好退兵。
于是，这场持续了将近一个月的宁锦之战，便以大捷告终。
宁锦大捷，袁崇焕本该更受器重，谁料，魏忠贤却把功劳记在了他自己的名下，反而说袁崇焕没有亲自救援锦州犯有失职之罪。
袁崇焕心知他是有意与自己为难，也曾看到他迫害东林君子时手段之狠辣，为免遭受杀身之祸，只好辞去辽东巡抚一职。
在他辞职不到两个月，朝中发生了一件大事——年仅二十二岁的天启帝朱由校因落水受寒，服食丹药，不幸猝死。
由于朱由校膝下无子，大臣们只好迎立年仅十七岁的信王朱由检即位。
在朱由检登基方才一个月的九月下旬，身为瑞亲王的朱常浩与身为桂亲王的朱常瀛觉得已经历经几任皇帝，不宜再继续待在京城，便一同向他请下圣旨，去了各自的封地陕西汉中府与湖广衡州府就藩。
朱由检并非朱由校那样不辨忠奸之人，早就知道魏忠贤的作恶多端，在两位皇叔离京不久，便当众宣布了魏忠贤的十大罪状，并将其发配到凤阳府充军。
而对于与他狼狈为奸的奉圣夫人客印月，则贬至浣衣局为婢。
魏忠贤在做东厂提督的七年间，恶事做尽，心知自己到了凤阳之后必定没有活路，便于半路投缳自尽。
在他死后，客印月被曾遭受过她欺辱的宫人管事笞死于浣衣局，并被移至西直门外的净乐堂焚尸扬灰。
这厢，将魏忠贤的余党清除干净，又给在两年前被其迫害致死的东林君子裴文中、杨涟、左光斗、王之寀等人平了反，很想振作起来、做个中兴之主的朱由检便听从了朝中众臣的意见，将几个月前辞去辽东巡抚职务的袁崇焕召回朝中，提拔他为兵部尚书，让其负责整个河北、辽东的军务。