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阿笠博士被一群带枪警察簇拥着踏出公司的时候都懵了。
“你们为什么抓我？”阿笠博士惊恐发问。
身边的FBI七嘴八舌地安慰他，“不要害怕！你已经安全了！”
就这样一番鸡同鸭讲，阿笠博士见到了忧心忡忡的工藤夫妇……
众人经过好一通交流，终于发现这竟然是个误会。
远在霓虹的柯南好不容易破了案，急着询问阿笠博士的消息，未来科技已经收到了霉国公司的消息，合作取消，并且要求未来科技承担FBI搜查可能造成的信息泄露和各种损失。
阿笠博士理所当然被解雇了，不仅如此，未来科技丢了大客户还可能要面临巨额索赔，他们不敢找霉国FBI那边的麻烦，就盯上阿笠博士这个软柿子了，未来科技以商业间谍罪把阿笠博士起诉了。
灰原浑浑噩噩回到家，呆坐在沙发上，怎么也理不清今天的情况，她感觉有什么巨大的阴谋在包裹着她，可是一切看上去又很正常，反而是她的行为添了乱，显得她草木皆兵。
但是苦思无果，灰原走进实验室，想做点正事让自己的安定下来，待机界面切换，一个对话框弹了出来，灰原的脸瞬间没了血色……
隔壁的工藤宅，柯南和赤井秀一还在复盘，山本一郎的信息已经证实是假的，他们因此更加坚信今日种种一定是有组织在其中谋划。
“我们必须要搞清楚，组织的真实目的。”柯南声音里充满急迫。
赤井秀一对着电脑回复邮件，霉国那边他还是得为今天的事写份报告的。
屋子里气氛压抑沉闷，柯南打开阳台的落地窗，想要透口气，正好看见一辆黑车从阿笠博士家开走。
“昴哥哥，有人带走了灰原！”柯南还记得不能叫赤井秀一的真名，他一边提醒，一边掏出手机给灰原哀打电话，无人接听。
赤井秀一马上下楼，柯南紧随其后，两人冲进阿笠博士家，里面空无一人，灰原哀的手机就放在茶几上，兀自响铃。
柯南又打开眼镜追踪器，灰原哀的侦探徽章就在阿笠宅，她没有带走徽章。
“屋子里没有任何痕迹，她是主动走的。”赤井秀一勘察完，得出来这个结论。
柯南不能理解，“灰原怎么回事？她为什么不说一声就突然离开？她到底是跟谁走的啊？”
赤井秀一回去开车，他要去追那辆车，不管是不是又是误会，他总不能什么也不做。
还想跟着，赤井秀一阻止，“你去联系那个人，山本一郎的真实身份很重要，如果真跟组织有关，那他就是目前唯一的突破口了。”
被留在原地的柯南只能给安室透打电话，可是也不知道是不是倒霉，安室透拒接，并给他发了一条短信，“NO”，也就是说安室透现在不方便。
安室先生是去做任务了吗？难道黑衣组织真的有行动？柯南暗自琢磨，可又不知道还能找谁帮忙。
“柯南，你怎么在这？”一辆黑车急停在阿笠宅外，一个身着橄榄色西服套装的男人推开车门，“住在这的那个小女孩呢？”
柯南见过这人，他是公安的人，“风见先生，灰原她被不明人士带走了。”
风见裕也懊恼，“可恶，来晚了吗！”
柯南跳上副驾，“风见先生，我知道他们往那边去了，我们赶紧去追。”
风见立马照做，“降谷前辈刚才给我发消息，让我把那个叫灰原哀的小女孩带走保护起来，然后告诉你，‘秘密被发现了’，这到底是怎么回事？”
听到那句‘秘密被发现了’，柯南惊出一身冷汗，心念百转，难道真的是灰原的身份被组织发现了？
如果真是这样，那他们就不能这样盲目追上去，组织一定有后手，没准就是故意引他们上钩呢？
灰原身份暴露，那么柯南这个身份也会有风险，而当初负责清除雪莉的波本和贝尔摩德也会被怀疑，甚至连冲矢昴的身份都不是那么安全了。
柯南一边各种揣测，一边纠结要不要让风见裕也停车，如今事发突然，他来不及安排什么缜密的计划，最好的办法就是在落入陷阱之前，控制住带走灰原的人，弄个假的车祸什么的，让组织相信灰原已死。
安室透既然能发消息出来，说明他还没有完全失去组织的信任，也许现在抓走灰原就是为了确认身份？
“但愿事情还没到最糟糕的地步。”柯南握紧拳头。