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昭宗闻报大怒，下令抓捕并诛杀为首的乱民，并遣将调兵，命覃王李嗣周为京西招讨使，讨伐李茂贞，神策大将军李鐬为副，调宰相徐彦若为凤翔节度使。着令李嗣周带着禁军三万，送徐彦若赴镇就任，出驻兴平。李茂贞联同王行瑜之军，合兵六万，一同来到柷厔，抵挡禁军。
禁军大多是新近招募的少年，没有什么战斗力，哪里敌得过两镇雄师？听说两镇大军来到，未战先怯。等到李茂贞进逼兴平，禁军多已惊骇而散。李嗣周也只得跑了回来。李茂贞乘胜进攻三桥，京师大震，朝廷惶惶不已。崔昭纬又暗中派遣人告诉李茂贞，说道：“用兵并非主上之意，全出于杜太尉一人。”
李茂贞因而陈兵临皋驿，上表列举杜让能的罪状，请求加以诛杀。杜让能向昭宗说道：“臣曾经料到此变，事已至此，请把微臣作为借口，以便退兵。”昭宗泣道：“今日与卿诀别。”于是下诏贬杜让能为梧州刺史，并流放观军容使西门君遂到儋州，内枢密使李周潼到崖州，段诩到驩州。
李茂贞等仍然不肯退兵，昭宗亲临安福门，命斩西门君遂、李周潼、段诩三人，再贬杜让能为雷州司户，又遣使对李茂贞说道：“蛊惑朕举兵，实在是出于西门君遂等三人，不是杜让能之罪。”李茂贞却一定要诛杀杜让能，方肯退兵。崔昭纬从中怂恿，昭宗无奈，只得将杜让能赐死，甚至连杜让能之弟户部侍郎杜弘徽，也迫他自尽。
昭宗再召东都留守韦昭度为司徒，御史中丞崔胤为户部侍郎，并同平章事，授李茂贞为凤翔节度使，兼山南西道节度使，并官封中书令。王行瑜进爵太师，加号尚父，特赐给铁券，两镇兵马这才卷甲退回。从此以后，朝廷一切都受邠、岐二镇控制，不得擅自做主。
景福三年，昭宗改元乾宁。李茂贞进朝，大陈兵卫，阅兵数日数日才回。自昭宗以下，无人敢违逆其意。右散骑常侍郑綮，素来诙谐，做了不少歇后诗，讥嘲时事。昭宗以为道他深沉有能力，即命他为相。众人得知，争相前去拜访郑綮，郑綮却颇有自知之明，微笑着说道：“诸君弄错了。就算天下无人，也未必轮得到郑綮。”
堂吏答道：“事出自圣意，的确不误。”郑綮又说道：“果真有此事，岂不令人笑话？”不一会，贺客齐集，郑綮搔首说道：“歇后郑五作宰相，时事可知。”当即上书推辞，昭宗不许，他只得勉强受职。不久便又上表避位，解职而归。昭宗又命翰林学士李谿为相，知制诰刘崇鲁，出班大哭。
昭宗惊问原因，刘崇鲁极力说李谿是奸邪之辈，不能胜任。昭宗便罢了李谿，转为太子少傅。李谿上书自辩，也诋毁刘崇鲁拜过田令孜，为朱玫作过劝进表，在正殿上大哭，是国之不祥，于是刘崇鲁也被免官，内政乱得一塌糊涂。
平卢节度使，任命了王师范。镇海节度使，任了钱璆，柳玭为泸州刺史，刘隐为封州刺史，这些还算是由朝廷封拜，奉命就职。其他的如杨行密擅取庐歙舒泗诸州，所置守吏，毫不禀承。王建擅夺彭州，杀死节度使杨晟和马步使安师建。
李克用曾经替养子李存孝，上表求为邢洺磁节度使。李存孝又被李存信陷害，无从申冤，于是暗中结交王熔、朱温，背叛李克用。李克用自引兵围攻邢州，李存孝固守一年多，城中粮尽，只得出来面见李克用谢罪。
李克用将他打入囚车，押到晋阳车裂。李存孝骁勇绝伦，李克用非常怜惜，想着在下令用刑时，诸将必定会替他求情。偏偏诸将都嫉忌李存孝，无一人出来说情言，以致令出难回，一个勇士，分作四裂。李存孝部将薛阿檀，勇悍不亚于李存孝，因与李存孝通谋，恐怕事泄，当即自杀。
接连李克用失去两员大将，心中好生不悦，好几天不出来理事。过了半年，因李匡筹屡侵河东，才出师北伐，夺下武州，迫降新州，连败李匡筹，直捣幽州。李匡筹逃往沧州，被义昌节度使卢彦威所杀。幽州军民，开城欢迎，李克用直入府舍，命刘仁恭及养子李存审，平定周边各地。又上表举荐刘仁恭为卢龙节度使，昭宗不敢不从。
这时护国节度使王重盈病亡，军中愿奉王重荣之子王珂为留后。王重盈的儿子王珙，曾经当过保义节度使，和弟弟晋州刺史王瑶一起，和王珂争位。王珂却是李克用的女婿，当然向李克用告急，李克用即为王珂代求节钺。朝廷批准王珂为留后。王珙与王瑶不肯干休，贿赂王行瑜、李茂贞、韩建三帅，上表称王珂不是王氏之子，不应袭职。
昭宗下敕相告，说已经答应李克用所奏，不便食言。李茂贞方攻下阆州，逐走杨复恭，又献上杨复恭给杨守亮的书信
，里面说道：“承天门为隋家旧业，你应该积粟训兵，不要再上贡朝廷。试想我在危难之中推立寿王，他才得了尊位。而今却废了定策的国老，天下有如此负心门生天子吗？此恨不雪，决非大丈夫。”
昭宗得书，勃然大怒。刚好韩建捕住杨复恭，以及他的余党多人，献到长安，一概被斩首示众。两镇立下此等大功，愈加得意洋洋。偏偏王珂、王珙争位一事，联名上奏，竟然碰了一鼻子灰，面子上很是过不下去。王珙派人对三帅说道：“王珂与河东联婚，将来必定不利于诸公，应该先去征讨！”
王行瑜首先发兵，令弟弟同州刺吏王行约合攻河中。自己与李茂贞、韩建，各率精骑数千人入朝。昭宗又亲临安福门，整容相待。三帅到了门下，盛列甲兵，拜伏舞蹈。昭宗说道：“卿等不经奏请，便率兵驰入京城，想要做什么？如果你们不能向朕称臣，今日朕就避位让贤。”王行瑜、力茂贞，听了此话，一时无言可答。
韩建急忙说明入朝情由，昭宗这才令他们进入，三帅进去之后，又上奏说道：“南北司互分朋党，紊来搅乱朝政。韦昭度前讨西川，甚为失策，李谿虽已免相，却还蟠踞在朝堂，不加诛杀不能安慰众人之心。”昭宗不愿答应，又不敢毅然拒绝，只得说“且从缓议”四字，敷衍三人。
三帅出了殿门，竟自招呼士卒，捕杀韦昭度、李谿，以及极密使康尚弼等数人。又请求免除王珙为河中节度使之职，让王珂到同州。昭宗惧怕，不得已答应他们。三帅又密谋废除昭宗，打算拥立昭宗之弟吉王保为帝。忽然听说李克用起兵勤王，约期入关，三帅各有戒心，于是各留三千兵马宿卫京师，匆匆赶回本镇去了。
后来昭宗得知三帅进犯长安，是由崔昭纬暗中怂恿。于是决意换相，再起用孔纬为同平章事，张浚为诸道租庸使。李克用闻张浚再任事，因而上表反对，有“张浚早上为相，臣晚上到京”等话。昭宗遣使解释，说并没有任张浚为相。李克用于是上表说，王行瑜、李茂贞、韩建率兵犯阙，杀害大臣，愿率蕃汉兵南下，为国讨贼。又发檄文给三镇，指斥他们的罪状，王行瑜等统统惊惶不已。
李克用长驱而到绛州，刺史王瑶闭城守御，相持十日，被李克用攻破，斩杀王瑶示威。接着进兵河中，王珂在道旁迎接。李克用无暇入城，即直趋同州，王行约弃城逃走。王行约弟王行实，当时为左军指挥使，上奏称同华已失，沙陀将到，请车驾转幸邠州。枢密使骆全瓘，却请昭宗往凤翔。
昭宗说道：“李克用还驻军在河中，就算他到来，朕自有办法对付。你们只要安抚本军，不要摇动就是。”两人怏怏退出。全瓘却联结右军指挥使李继鹏，密谋劫持昭宗同去凤翔。骆、李正在安排，事被中尉刘景宣得知，告诉了王行实。
王行实却想劫持昭宗去邠州，孔纬当面斥责刘景宣，说昭宗车驾不拿轻易离开皇宫。到了傍晚，李继鹏又连请出宫，昭宗不肯答应。哪知王行实竟召入王行约，引左军攻右军，两下大战，鼓噪震地。 昭宗得知京城大乱，急忙登上奉天楼，传旨禁止，且命捧日都头李筠，率部侍卫楼前。
李继鹏竟然召来凤翔兵攻打李筠，左右扶着昭宗下楼。李继鹏又纵火焚宫门，烟焰蔽天，皇宫鼎沸。盐州六都兵屯驻京师，被左右两军所惮，昭宗急令进京保护自己，两军这才退走。
昭宗来到李筠营中避乱，护跸都头李居实率众赶来，昭宗这才稍稍放心。不久，又有谣言传入，说是王行瑜、李茂贞，将入都来迎车驾。昭宗又恐怕被他们胁迫，于是命李筠、李居实两都兵自卫，出启夏门，道过南山，寄住莎城镇。士民追从车驾，约有数十万人。到了谷口，三成中渴死一成，夜间又遭盗劫，哭声遍野；百官来不及跟从，只有户部尚书薛王知柔先至，昭宗命权知中书事及置顿使。
不久崔昭纬等来到莎城，昭宗才移住石门镇。李克用听说昭宗出逃，派遣判官王瓌趋来见昭宗，一面督兵攻打华州。韩建登城，对李克用说道：“我从没对你失礼，为何要攻打我？”李克用应声道：“你身为人臣，逼走天子。你算有礼，何人算无礼？”说罢，麾兵进攻。韩建极力拒守，彼此相持不下。
内侍郗延昱带诏书来到李克用军中，说邠、岐二镇有劫驾的打算，请他立刻支援。李克用这才解了华州之围，移驻渭桥。昭宗又遣供奉官张承业，到李克用军营。李克用留他担任监军，遣部将李存贞为先锋，又令史俨统三千骑士，到石门护驾。再命李存信、李存审、李思存去梨园寨攻打王行瑜，擒住敌将王令陶等，送到行营。
李茂贞得报大惧，召还李继鹏，把
他斩首，传示石门，上表谢罪。又遣使向克用求和。昭宗下令李克用，赦免李茂贞。专讨王行瑜。李克用受命，遣子李存勋回报昭宗。李存勖仅十一岁，状貌魁梧，昭宗叹为奇儿，用手抚顶说道：“儿方为国栋梁，他日要尽忠我家。”李存勖拜谢而还。
昭宗即命克用为邠宁四面行营都招讨使，保大节度使李思存为北面招讨使，定难节度使李思谏为东面招讨使，彰义节度使张鐇为西面招讨使，共讨王行瑜。李克用上表请昭宗辉京，并愿拨骑兵三千，驻守三桥，护卫京师。
昭宗这才启程回都，宰相孔纬，在途中感冒风寒，随即病死。崔昭纬罢为右仆射，再贬为梧州司马。徐彦若本来是要出镇凤翔，因不得到任，还为御史大夫，并进授同平章事；户部侍郎王搏，也得以入相；崔胤已免复起；京兆尹孙偓，也受命为户部侍郎，一同辅政。相臣四人，一个儿也不少。
昭宗专任李克用，进命他为行营都统，授昭义节度使，李罕之为检校侍中，充行营副都统，且特把后宫中的魏国夫人陈氏，赐与李克用。陈氏才色双全，竟让李克用享受。李克用当然感恩图报，愿尽死力，于是与邠宁兵交战数次，无不奏凯报捷，再令李罕之、李存信等人，急攻梨园，杜绝粮道。城中无粮可食，自然溃散。
李罕之等人纵兵邀击，杀获万余人，擒住王行瑜之子王知进，及大将李元福。李克用又亲自前往督战，王行约、王行实等只得逃去。王行瑜率精骑五千，退守龙泉寨，又飞使向凤翔告急。李茂贞发兵五千前去救援，遇着沙陀将士，好似风卷残云，顷刻四散。
王行瑜弃寨进入邠州，李克用追至城下，王行瑜登城大哭，对李克用说道：“行瑜无罪，胁迫乘舆，皆是李茂贞、李继鹏所为，请公移兵责问凤翔，行瑜愿束身归朝。”李克用答道：“王尚父何必如此谦恭？我受诏讨伐三个贼臣，你名列其中。如果你想束身归朝，我却不敢擅自答应。”
王行瑜知不可免，涕泣下城。过了一夜，挈族出走。李克用入邠州，封府库，抚居民，禁兵四掠，邠人大悦。王行瑜走到庆州境，被部下所杀，传首京师，邠宁告平。李克用回军渭北，昭宗封李克用为晋王，加李罕之兼侍中，以河东大将盖寓领容管观察使，其余李克用子弟及将佐，一同升官。
李克用遣书记李袭吉入朝谢恩，代奏道：“近来关辅不宁，强臣跋扈，若乘此胜势，攻取凤翔，这是一劳永逸的好计。臣今屯军渭北，听旨进止。”昭宗迟疑未决，与近臣熟商。有人说道：“李茂贞一旦覆灭，沙陀更盛。朝廷只是听命于河东，也不是良策。”
昭宗于是赐李克用诏书，褒奖他的忠勇，又说道：“跋扈不臣，惟有王行瑜。李茂贞、韩建，近已悔罪，贡赋相继，暂且休兵息民，徐观他们日后的行为再定。”李克用奉诏而止，但私下里对诏使说道：“朝廷用意，似乎是怀疑李克用有异心，李克用并无其他居心。只是以为李茂贞不除，关中恐仍无宁日。”言下很是叹息。
不久后，又有诏免他入朝觐见。李克用还想入朝，经盖寓劝止，于是上表称臣总领大军，不敢径入朝觐，惊动宫廷。表至京师，上下始安。李克用引兵北归，李茂贞仍然骄横如故。河西州县，大多被他占据。
威胜节度使董昌，历年苛敛，充作贡赋，唐廷宠命相继。他却想求为越王，未得允准，竟然称起越帝。他自称大越罗平国，改元顺天，署城楼曰天册之楼，令群下呼他为圣人。当时吴越民间，谣传有一只怪鸟，四目三足，鸣声像人说话，仿佛有“罗平天册”四字。
节度副使黄碣，会稽令吴镣，山阴令张逊进谏，均被诛杀。他又移书钱镠，详告开国情形，并授镠为两浙都指挥使。钱镠复书说道：“与其闭门作天子，让九族百姓，都陷入涂炭，不如开门作节度使，长保富贵。”董昌没有醒悟，依然如旧。
钱镠于是上表称董昌僭逆，不可不诛。昭宗于是命钱镠为浙东招讨使，令他攻击董昌。钱镠派遣部将顾全武、许再思等，进兵浙东。董昌发兵迎战，屡次失败。余姚石城，接连失守，慌忙向淮南求援。杨行密令宁国节度使田頵，润州团练使安仁义，往攻杭州戍军，遥应董昌，且亲自率兵攻苏州，拔取常熟镇，虏去刺史成及。
钱镠急忙召顾全武回军，令他防御杨行密。顾全武已乘胜抵越州，不愿回来。因而复报镠书道：“越州是叛贼根本，愿先取越州，再复苏州未迟。”钱镠依议而行。顾全武猛攻越州，破入外郭，董昌还据牙城拒战，钱镠令降将骆团，写信给董昌，假言已奉有诏命，令大王致仕归临安。