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整整大半年，徐再生所有的精力，都投在苏松二府的基础工商发展上。私掠许可证的实行，使得海疆虽然混乱，但却不会再有人把目光盯到他正在逐渐发展壮大的海军上。
即使某些小海盗领了私掠许可证横行不法，徐再生也只需发布通缉悬赏令，立马就会有如狼似虎的海盗们，到处抢食。如此举措虽然也会使得海盗实力坐大，等沿海平静后，将难以控制。但徐再生目前还是很有把握。如果驾驭得当，这些海盗，还将会成为他争霸海洋的先锋。
大量的税银投到苏松二地的建设上，由于优厚的生活条件及待遇，大量的北地流民相继涌入。免税政策的实施，更加使得工商业蓬勃发展。而日月钱庄纸币的大力推广，更是传播到苏松二府之外。如此方便保值且信誉度极高的纸币，很快受到大量商贾们的欢迎。
徐再生奏请朝廷批准，对苏松二地的卫所边军，守城军进行改变。淘汰老弱，其余编入巡防营，主管各地治安巡逻，缉盗搜捕。
同时，在奏请朝廷的同时，他迅速对麾下军队进行扩建改编。
有明一朝，实行的是以文统武。明初实行军权分制，都指挥使司练军，兵部掌军，只有皇上才可调兵。这样虽然防止了唐末的藩镇之乱，但也极大地限制了军队的战斗力。
后期卫所崩坏后，镇戍制成为主流。负责统兵的武将主要是总兵、参将。游击，守备等。即使这样，诸将还是有着牵制。总兵统参将，参将统守备，副总兵佐总兵。游击听命于总兵、巡抚。
这样彼此制约，大大影响军队地战斗力，绝非徐再生想要的。
他把原先的军制全部撤销。按照后世先进科学的三三军制，设立军-卫-营-所-旗-哨-队编制。每队12人，每哨统三队，每旗三哨，自上而下，逐级节制，类似于现代师旅团营连排班的编制。每军步兵二卫，骑兵一卫。另辖炮兵一营。工兵一营，辎重一营，共计一万二千将卒。
总督府下建三军，将官职名不变，依次为总兵，参将，游击，守备，千总。把总，领队。第一军总兵官为夏广复，第二军总兵官为李四海，第三军总兵官为韩章。孔有德地雇佣军，不在新军编组之内。
三军统归总督府节制，另外总督府组设参谋部，王重，普克等一干幕僚及洋人教官，进入参谋部。赞佐号令。参画机宜。此外设军纪官，督军官。书记官，总军法官，总军需官，总军械官，总军医官，总马医官，稽查官若干。
在发展生产。改组军队地同时。他还在各地设立蒙学。小学。中学。要求所有适龄孩童。必须入学。家境贫寒者。可免去学费。实行九年地基本教育。除了中国传统地国学精粹外。主要开设六艺课程。礼。乐。射。驭。书。数。在小学时。增设西学启蒙课。中学时。开设基本地物理。化学。自然天文学。生物地理学等西方科学。
另外开始筹建大学。招募各地年轻士子。深入学习西方地自然科学。并对相关国学分系。以供学子们继续研读。
这些事情。整整忙碌了近一年时间。除了把所有地海税所得砸进去外。还依靠发行纸币。借举债券。筹措资金。才是一切不虞半途而废。
一切步入正轨。徐再生所做地。只是引导作用。如同一个掌舵者。他需要他地命令。可以得到严格地执行。而不要产生太多地干扰。
以前实力弱小。顾忌许多。现在编组三军近四万军马。相信朝廷即使对他极为不满。也只能忍气吞声。
可刚刚达到地一纸诏书。却让徐再生陷入了左右为难。
诏令领军镇守中都，不虞皇陵有危。与诏书同来地，还有神机营彭有谟一部将士。
如果历史记忆不差的话，农民军张献忠就是在年初，攻陷凤阳，焚烧皇陵，天下震动。古人最忌讳祖坟，你说一个皇上的祖坟都被人烧了，那带来的打击，对百姓们的信心是多么毁灭性的。
看来，最终还是避免不了与农民军敌对啊！是该时候，乱起风云了。
虽然徐再生知道张献忠是攻打了凤阳，但具体时间，却模糊了。所以收到诏书后，徐再生立马召集诸将军议。决定亲率第一军和孔有德七千雇佣军，协同神机营一千将士，共二万人马，由长江直进巢湖。入庐州，而后北上凤阳。
留下王重等幕僚，第二军李四海等驻守苏松二府，护卫境安。第三军总兵官韩章统帅海军，巡守海疆，堤防南方的异动。
崇祯八年正月，新春才刚刚结束，大军组建后的第一次出征，将是对一年多来训练的终极考验。
船队行至南京，一条不好地消息迅速传来。张献忠，高迎祥部竟然奇袭凤阳，毙杀守将朱国正，凤阳知府颜容暄。并且焚烧了龙觉寺和朱元璋的祖坟。
怎么说凤阳也有一二万的守军，竟然土崩瓦解地败了，实在大大出乎徐再生的意料。南京大臣闻听此讯，吓的魂飞魄散。皇上祖坟都被人烧了，可以想见皇帝听见此消息后的震怒。南京兵部尚书吕维祺收到徐再生大军赶至的消息后，连忙带上犒银，请求徐再生急奔庐州，灭乱贼一众，平皇上息怒。
徐再生收到凤阳以陷后，反而不在慌张。在南京稍作停留后，船队缓缓向庐州府驶去。纵观张献忠去年入川开始，后走湖广，又入河南，现在更是直接东进，奔袭安徽。
转战千里，忽东忽西，简直深的运动战，游击战之精髓啊。想要打败他们，徐再生认为并不是难事，而要全歼乃至俘虏他们，却比较困难。
如果不能达到重挫他们，他们必将逃窜，永为后患。
正月二十二日凌晨，在凤阳稍作歇息后，张献忠即与高迎祥到达庐州，立即命令部队包围该城，入夜发起攻击。
合肥知县吴大朴率领军民固守，由于事先有防备，加上庐州城防严密，城墙坚固，每门外设吊桥，守军轮番防守。张献忠猛攻北门月城数天不得，反而损失战将张进嘉。很快，又传来漕督朱大典和四海总督徐再生率部来援的消息，形势对张献忠极为不利。
他当即立断，转攻巢县。
巢县位于巢湖东部，紧靠巢湖与长江地河道。当他率领三万大军连夜赶至巢县前，周围一切却是静悄悄，连半个百姓也看不见。
多年地征战，立即让张献忠警觉起来。刚要派出大量探哨侦查，震天的炮声从巢湖湖面上射来。
张军顿时乱成一团，饶是他们身经百战，也扛不住这样密集地火炮轰击啊。
中了埋伏？张献忠虽然怀疑，但他还是不相信官军有这么快，当即果断命令强攻巢县。只要拿下巢县，凭借城防炮，就不怕巢湖上的战船火炮了。
谁知巢县的城墙上突然亮起无数火把，上百们佛郎机火炮排的密密麻麻。咚咚咚，一轮射来，又有几百人倒地不起。
已经快要攻到城下的张军突然发出一声声痛苦的尖叫，无数人跳起捂住脚，然而倒下再也发不出声来。火把照近，却发现他们再也不能前进一步了，因为拦在他们面前的，竟然是一排排无比尖锐的铁钉。这要是硬冲过去，至少得用尸体堆啊。即使把这些铁钉对完，也还是不能靠近城墙。因为在这排铁钉的后面，还有许多木实杂乱的拒马。
拒马也无所谓，顶多只会延缓他们的速度。真正的梦魇时，这些拒马的背后，还站着一排排手持火枪的士兵。
啪啪啪！无比密集的三段射，那火力简直无穷无尽。许多乱匪甚至还没靠近拒马，就纷纷倒下了。
“大帅，不能再攻了。短短半个时辰，我们已经损失了三千多名将士。”
张献忠脸色早就铁青，虽然他见识过火器的威力，并且也有一支火器队。但在这个冷兵器向热兵器过渡的时代，新兴的热兵器，并不能对抗冷兵器站到压倒性的优势。
他遇到无数官军，碰到无数火炮和火枪。可从来没有遇到任何一支军队，有这样强大的火力。不，不可能，这绝对不可能是明军。
“撤！往北撤！”
张献忠刚要拔脚，就见高迎祥满脸是黑灰地跑了过来，大喊道“张兄，大事不妙。北路出现一支官军，约有一万之众，火炮二百多门。我率人猛冲一阵，不到半刻，就损失二千人，我们快西撤吧！”
听见高迎祥这家伙竟然偷偷北撤，张献忠不由大恼。可现在不是发火的时候，当即率军西撤庐州。沿巢湖直奔舒城。
“报，大帅，西边花集一带发现官军，约有一万有余，火炮无数。”
“什么？”张献忠立即傻了，又是一万，官军？这些官军从哪里冒出来的？东是火力凶猛的巢县，北是一万官军，东又是一万官军，南面则是巢湖，上面有不知道多少强大火力的战船。我们被包围了？
天啦，难道天要亡我张献忠，谁能告诉我，这该死的数万官军，是从哪冒出来的？为何有此强大火力？难不成烧了朱元璋那老儿的祖坟，犯了天怒，遭到天谴？降下天兵天将来消灭他？