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数日后，长安城内延续着血雨腥风。为了斩草除根，将李建成的五个儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、巨鹿王李承义；李元吉的五个儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，全部杀掉,并且将他们从皇室宗籍中除名。唯独的漏网之鱼──李建成幼子李承文与闻喜郡主李婉顺一起失踪了，下落不明，成为当时一个悬案。
圣上听说自己的十个孙子要被诛杀，找李世民苦苦哀求其手下留情，但是长孙无忌等人力劝秦王要斩草除根。
圣上在痛失这十个孙子后，对李世民痛斥：
“今日你杀了我的子孙，总有一天你的子孙也会遭受同样的命运。”
自从李婉顺及李承文失踪后，李婉顺的玩伴──通事舍人刘应道曾找到袁天纲，急切地询问李婉顺的下落，袁天纲均以不知道打发他走。但是，刘应道不甘心，找遍了整个长安城，均未见到李婉顺的身影，好像她与幼弟人间蒸发了。
袁天纲亲眼见到这位痴情男子整个人都颓废了，整日都借酒消愁。为了保护李婉顺与李承文，袁天纲咬牙绝口不透露一丝信息。
秦王府诸位将领想全部诛杀李建成、李元吉左右的一百多人，并籍没他们的家人和财产，高士廉坚决反对说:
“只惩首恶，余党不问。现在已经诛杀了太子、齐王，假若再株连他们的党羽，不利于国家安定！”于是李世民下令停止诛连太子、齐王党羽。并下诏大赦天下。
玄武门之变后，长安朝廷才安定下来，但是地方政府追捕太子、齐王余党之风愈演愈烈。
六月十日，益州行台右仆射窦轨杀掉益州行台尚书韦云起。
窦轨与同僚韦云起、郭行方关系不好。韦云起的弟弟韦庆俭是前太子李建成的属官，前太子李建成死后，窦轨诬陷韦云起与前太子李建成同谋造反，逮捕杀了他。郭行方害怕逃跑回长安，窦轨命令去逮捕他，没追上。
窦轨此行为应验了两年前袁天纲在看相时，说他在益州任职期间有政绩，但杀伐无度的预言。
六月十七日，幽州大都督庐江王李瑗谋反，随后被他手下的右领军将军王君廓杀掉。
当初，圣上因李瑗懦弱胆怯，不是将帅之才，派王君廓辅佐他。王君廓为人勇悍，阴险狡诈，李瑗推心置腹地依仗着他，并答应与他结为婚姻。
前太子李建成谋害秦王，秘密地与李瑗相互勾结。前太子李建成死后，诏命李瑗回长安。
庐江王李瑗内心不安，与王君廓谋划此事。王君廓想捉取李瑗来表功，就劝说道:“大王假若入京都去，必然没有保全的道理。如今拥有数万军队，怎么能自投罗网回长安？”
于是庐江王李瑗起兵谋反，王君廓趁机将他杀后，把他的首级传送到长安邀功。
当初，东宫洗马魏征经常劝说前太子李建成趁早除掉秦王李世民，玄武门之变后，李世民召来魏征，对他说:“你为什么离间我们兄弟？”
当时在场的人都替他担心，魏征却举止自若，对答说:“前太子如果早先听从我的话，一定没有今天的祸害出现。”
李世民平素器重他的才华，就立刻改变态度，以礼相待他，任命他做谏议大夫。
为了制止全国性范围的大抓捕余党之风，李世民在高士廉的建议下，颁布太子令：
“六月四日以前受太子、齐王牵连的；六月十七日以前受李瑗牵连的，一并不得相互告发，违犯者以诬告罪治罪。”
李世民专门任命魏征兼任河北道宣慰使，听以便宜行事。
魏征宣慰到磁州，磁州官府正好抓到前太子千牛李志安、齐王千牛李师行，准备押送到长安。
魏征说：“本官受命山东道宣慰使，朝廷大赦天下，前太子、齐王余党都已赦免，现在又抓李志安、李师行等人，则谁还相信朝廷大赦令？本官不可以因避嫌而不为国家考虑。并且本官既然蒙国士之遇，敢不以国士报答呢？”
于是魏征将李志安、李师行赦免释放后，全国性的逮捕太子、齐王余党之风才刹下来。魏征完成使命后回京禀报太子李世民，太子李世民非常高兴。
在朝廷大赦令的感召下，太子余党冯立自动从躲藏地出来投案自首。
李世民见到冯立，恨得直咬牙：
“你在东宫时，经常间离我和李建成之间的兄弟关系，这是第一项罪；玄武门之变，你率兵杀了不少我们不少人，这是第二项罪。你犯下这两项大罪，为何逃跑？”
冯立对答：“为主人尽忠，是做臣子的本份！当日是忠于所事，无所顾忌。”说完，就伏地痛哭。
李世民慰勉道：“你是忠义之士。”于是任命冯立为左领军将军。
冯立感动地痛哭流涕：“逢殿下天大的恩情，幸而获赦免死罪，终当以死报答！”
齐王余党薛万彻逃亡到终南山隐藏起来，李世民赏识他是一位难得的猛将，多次派人晓谕他，他自感攻打秦王府杀了不少秦王府卫士，罪劣深重，躲起来不肯见面。李世民只好请薛万彻的老上司──兵部尚书李靖亲自去一趟终南山找他，他才出来自首。李世民当即赦免薛万彻的罪，还任命他为右领军将军。
后来，李世民还把自己的亲妹妹，唐高祖李渊的第十五女丹阳公主嫁给薛万彻，婚后他们夫妻还闹了一个大笑话。
八月初八，圣上在一系列痛失权力、爱子及爱孙的打击下，万念俱灰，颁布诏命自请退位，将皇位传位给李世民。李世民作秀般再三推辞，圣上没有许可。
八月初九，李世民即皇帝位，立长孙无垢为皇后，立李承乾为皇太子。尊李渊为太上皇。
李世民即皇帝位后，立即连下三道诏命：
“一是大赦天下。二是免除关中六州二年赋税徭役，其他各地免除一年赋税徭役。三是大幅削减皇宫中宫女数量，放这些宫女出宫嫁人。”
诏命一下，全国都称李世民皇上圣明。