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进攻受挫的华人不得不退出火器射程之外，城上的西班牙人突然欢呼起来。马尼拉城所有西班牙人都在大声呼喊着：“援军来啦！”
同一时刻，聚集在巴石河南岸和比农多的华人阵营的四周，几乎同时响起了枪炮声；不仅仅是邦邦牙省长的部队赶来了，宿务的西班牙驻防司令维拉斯科上尉带着西班牙正规军和土著火枪手、弓箭手和长矛手所组成的援军也赶来了。
这对华人来说是最危险的时刻到来了。
由于华人起义者没有统一的指挥，也没有人有战争经验，大家都没有料到西班牙人的援军这么快就到来了，所以很多人一时间就陷入了束手无措的境地。几名华人首领不是在内讧中死了，就是已经战死，无人指挥的华人起义者已经无法维持士气了。他们有的在四处观望不知如何是好，有的还在奋力攻城，还有的已经准备向巴里安撤退。比农多留守的华人已经受到邦邦牙土著兵进攻，正在向北向南溃散。比农多生理人基督徒已经所剩无几，这一次他们再也无法躲过宿务土著兵的屠杀了。
整个比农多被大火彻底烧毁，包括李旦的家在内的所有比农多居住区的房屋全部被大火吞没了。巴里安总管黄康在比农多的家也被土著兵一把火烧掉。黄康的妻子女儿和小儿子事先已经在屋内上吊自杀，她们的遗体悬挂在屋内，和自己的家一起被大火化为乌有。几天后，黄康本人也被以暗中资助及发动叛乱的罪名，未经公开审讯就被绞死在马尼拉城。至此，除了他的义子安和平以外，在马尼拉生活了30多年的华人移民黄康全家蒙难，无一幸存。
比农多最后毁灭前夕，那些华人基督徒的他加禄族妻子跪在同族的土著兵面前为自己丈夫求情，得到的结果是和自己丈夫一起被杀。西班牙人的命令很明确：所有华人都必须为叛乱付出代价，任何反对者格杀勿论。
那些为保护比农多的圣方济各会教堂，不惜和自己同胞发生冲突的华人基督徒大约还有100多名躲藏在教堂内。他们去马尼拉投降西班牙人，却被大炮打了回来，乘战场上一片混乱躲藏到了这里。听到四周的枪声，他们涌出了教堂，跪在教堂前举着十字架向西班牙人乞求宽恕。
但是，宿务的土著兵们的长戟短矛丝毫未受十字架阻扰，很快这些华人基督徒就被一一杀死，土著兵还一把火把剩下的那些躲在教堂内的华人基督徒统统烧死了。这座华人建设起来的教堂，并且为华人保护下来的教堂，却被西班牙人的仆从军一把火彻底毁灭了。
进攻比农多的就是宿务驻防司令维拉斯科上尉的部队。这时，巴石河上游开来了许多各式西班牙人的船舰和独木舟，维拉斯科带着西班牙人和土著火枪手、弓箭手和长矛手所组成的援军在占领比农多后，开始在南岸登陆；邦邦牙省长唐.费尔南多的土著步兵同时也赶到了马尼拉城南，和维拉斯科上尉的部队一起在整条战线上对生理人发起了进攻。战斗立刻扩展到整个巴里安和周围地区。
马尼拉城西门忽然打开，一大批土著兵射着箭冲了出来，然后是100名西班牙正规军敲着鼓出了城门。
正在撤退到巴里安的一批华人看到西班牙人冲出城来，以为有了近战的机会，立刻就振作起精神来反身投入战斗。他们冲乱了土著兵的队伍，用大棒木棍把只拿着弓箭和短矛的土著兵纷纷打到在地，刚刚在城下排列好队列的西班牙军队赶紧不分敌我的开了火，把混战中的土著兵和华人起义者统统打翻。
正在这时，在巴石河岸边从尹峰手下逃脱了的比拉贡上尉和弗洛雷斯修士带着日本人也冲了过来，从侧面攻击了华人队伍。日本人的这一击把华人队伍完全击溃了，而且他们还一路尾追华人起义者冲进了巴里安。
再次攻进巴里安的西班牙人、日本人和土著雇佣军放火焚烧并抢劫剩余下来的巴里安市场。许多留在自己商铺始终未参与起义的体面华商，绝望地看到一切正在被彻底毁掉，在西班牙人的部队冲进来时，他们为了保持尊严而纷纷上吊自杀，或自行放火把自己和财物一起烧掉。火苗由巴里安区的各处冒出，战败溃逃的华人在大火于浓烟中四处穿行；他们由街道两边悬挂着的上吊自杀的华商尸体中间穿过，后面的敌人不断追上来把落在最后的人杀死，被逼急了的华人起义者返身杀回去，与敌人在街头巷尾到处展开肉搏战。
这时，马尼拉城外战场上的华人起义者大部分都撤退到巴里安。虽然很多人已士气低落，但他们的人数仍旧远远超过敌人，不少人顽强地在巴里安的断垣残壁、火场废墟等一切地方与敌人展开殊死拼杀，冒着马尼拉城头的炮火和西班牙人的火枪子弹，依靠地形优势把敌人一次次打退。西班牙人、日本人、土著兵和华人们在烈火与浓烟中间从中午一直打到天色昏黑，西班牙人仍然无法完全控制整个马尼拉郊区，不得不撤回城里去。
外来压力一减弱，华人们一团散沙的毛病又重犯了，剩下的20000不到的华人乱纷纷地退出巴里安区，分别向南向北撤退。他们已经没有具有威望的领导人了，华人基督徒的领袖在内讧中被杀，漳州帮和泉州帮以及工匠行会的大佬都在上午的攻城战中战死了。没有人还想着能战胜，所以，华人起义者们失去了有组织的抵抗，分散成以同一个县、同乡、同村或者同一家族为单位的小团体，乱哄哄地撤出了巴里安。幸好他们都是夜间行动的，西班牙人没有察觉。
还有一些感觉无路可逃的华人留在了巴里安，决定和巴里安一齐毁灭。他们主要是些在吕宋居留了十几年以致几十年的侨民，祖国的老家已没什么亲人可以投靠了；假若最终要在家乡流落街头穷困而死，那还不如在巴里安和敌人一齐同归于尽。
整个吕宋岛上，唯一的有组织的华人武装只剩下尹峰和鲁石头带领的逃亡队伍了。
由于比农多首先被西班牙人攻占，向巴石河以北溃退的华人较少，大约只有2000多人，而其余的大部分人都向巴里安南方突围，大多数人向八达雁沿海方向走。
第二天，西班牙人发觉了华人起义者的动向，他们再次敲起了城里所有教堂的钟声。
唐.佩德罗.阿库纳总督在皇家马尼拉法院里向马尼拉城西班牙殖民者演讲：
“先生们，感谢上帝，我们已经打败了生理人对马尼拉的围攻。但是，我们还远没到庆祝的时候，昨天晚上，生理人叛乱者已经偷偷逃离了巴里安。土著侦察兵传来的消息说：有数千生理人一路逃往巴石河北方，他们中更多人正在往南向圣.巴勃罗和八达雁方向逃窜。我已经派出维拉斯科上尉追击南方的叛乱者，阿兹奎塔少校将去北方平定叛乱。现在，各地的粮食已经到了收获季节，我们必须保住这些收成，尽快平息这场动乱。同时，我已经派人去通知本殖民地所有省份的省长们，命令他们就地解决当地的所有生理人，不准放过一个。我们必须尽快恢复秩序，先生们！”
说到这里，他严厉地看着底下的一批西班牙商人和绅士：“我知道，这里的某些人是同情生理人的，也许是因为商业利润关系，你们在自己家中藏着些生理人；我在此重申我的命令：从即日起，在本殖民地全境处决所有生理人！”
很快，总督的命令被执行了，马尼拉城少数被同情者保护起来的华人在一个上午的时间内全部被屠杀了。有的在街头被绞死，有的在保护者家中被暗杀，有的被前保护者押送到了马尼拉监狱，最终被绞死在市政广场上。
这些天，大主教贝纳维德斯忙得很，到处组织圣像游行。城里城外每天都有人抬着圣像唱着圣歌的四处游行，传教士们不知疲倦地组织着感恩游行。
在贝尔纳多的生意伙伴，新基督徒弗朗西斯科.迪亚斯.德.蒙托亚的家里，一群西班牙士兵闯了进来，把华人基督徒商人米格尔.奥托抓了起来。
生理人基督徒米格尔.奥托，原名施源，是第一任巴里安华人总管，也是德.蒙托亚的长期生意伙伴。德.蒙托亚拦住士兵：“你们要干什么？”
士兵凶恶地说；“先生，这个生理人参与叛乱，我们受命逮捕他。”
“奥托先生，您承认吗？”
施源——奥托说：“不，我没有参与叛乱。说这些没用了，这是我的命啊！谢谢您，蒙托亚先生，感谢您收留我。”施源微笑着向主人深深鞠躬。
下午，德.蒙托亚在马尼拉的市政广场上看到了米格尔.奥托——施源的尸体悬挂在绞刑架上。
几天后，整个马尼拉除了在圣地亚哥堡地下水牢中的黄康和李旦外，已经没有一个华人还活在世上了。黄康也在几天后被马尼拉皇家法院以叛乱罪判处绞刑。临死之前，他拒绝了马尼拉大主教贝纳维德斯给他忏悔；他看清了大主教的真面目，指责大主教贝纳维德斯是挑起战争的罪魁祸首。然后，黄康自己走上了绞刑架，不再向西班牙人的上帝祈祷了，而是在心中向遗忘了许久的妈祖娘娘祷告：死后要能和自己家人团聚在阴间。
西班牙军队迅速分派出去奔赴巴石河南北，一支西班牙、日本人混合部队再次进入已经大半成为废墟的巴里安，搜素最后的华人幸存者，顺便抢劫那些留在市场内的货品财物。
留在巴里安的最后一批华人在敌人脚步声响起的时候，不约而同点燃了自己的房屋。最后的大火顿时连成了片，铺天盖地的火焰把冲入巴里安的西班牙人和日本人又赶出了巴里安。发财梦破灭了的混合部队成员只好聚集在城下，和城头的西班牙人一起目瞪口呆看着整个巴里安变成一片火海。华人没打算留下任何东西——包括他们自己的生命；他们把桐油泼洒在了所有街区的房屋上，连未烧尽的废墟也没落下；所以大火燃烧起来后，势不可挡，连续烧了两天，使巴里安彻底成了一片白地。
前一天失陷在巴里安的加斯帕尔上尉，最终也落得尸骨无存的下场。
阿兹奎塔少校的部队主要是邦邦牙省的土著步兵，他们顺利地赶上了混乱的华人逃亡队伍，在通多教堂附近将他们集体屠杀了。有一批华人拼死突围，想再次逃亡到沼泽地营地去避难，然而已经迟了。由于华人战败的消息已经传开，原先抱着观望态度的他加禄土著也开始攻击华人，他们抢在华人前面攻占和烧毁了通多沼泽营地。向北撤退的华人中的最后一部分，大约有400多人，于攻打马尼拉城失败后的第3天，在沼泽地边缘集体自杀了。
而这个时候的尹峰，正在为自己的逃亡队伍日益膨大而苦恼……
华人们从巴里安出来后，分为两路，一路去了圣巴勃罗方向。宿务驻军司令上尉维拉斯科率领的西班牙军队紧跟着去圣巴勃罗的华人队伍，他们杀死那些因伤和饥饿落在后面的生理人，并且追上了华人队伍的后队，用火枪弓箭射杀生理人。愤怒的华人反身向他们进攻，他们就迅速后退，然后让土著步兵用长矛组成密集的方阵等着生理人进攻，同时用火枪不断射击。华人起义者大批大批倒在火枪下面，即便前赴后继，冲到长矛面前去攻击西班牙人也是毫无意义的行动，华人根本无法突破长矛阵。
华人们只好继续往前走，西班牙人则又追上来骚扰，不断射杀后队的华人。这样，华人们走一路，也就扔下了一路的尸体。最后，这一批大约6000多人的华人逃亡队伍没能到达海边，在一处丘陵的树林中被包围了。
愤怒的华人们在途经的地区，把所有西班牙人的教堂、修道院、和其它建筑统统付之一炬。留下了一路的废墟。
这天上午，维拉斯科上尉继续跟踪追杀华人，大批土著兵冲入树林中，却被华人们用最原始的武器-木棍打了出来。跟在土著兵后面的西班牙正规军士兵毫无防备，因为贪图华人随身携带的财宝，只顾着在华人尸体上收集财物，先是被一些在树林里挖芋薯的华人突袭，又被打退了土著兵的华人攻击，当场被打死了几十人。
维拉斯科上尉大怒之下调来了几门小炮冲着树林轰击，然后让所有士兵放火烧山。此时季节已近菲律宾群岛的旱季，大火很快吞没了整座山。
西班牙军队在山脚下列阵以待。但是，一直到大火因烧尽树木而熄灭，还是没有一个华人从火海中逃出来求饶投降，他们和整座山的树木一起化作了灰烬，宁死不降。