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从南非回国后，醒来的小李告诉韩星，从种种细节分析，袭击他们的人应该是海军陆战队内部的人。韩星安排大冯和冯倩倩父女父对海军内部的几位知情者展开秘密调查。
大冯父女经过多番努力，最终把疑点锁定在海军中将刘一舟身上。在最后一次调查中，取得了刘一舟通敌证据的冯氏父女被发现，并被一批日本忍者追杀。关键时候，大冯决定舍身掩护女儿带着证据逃走，在亲情和国家利益面前，冯倩倩最终选择了后者。大冯壮烈牺牲，冯倩倩负伤逃回韩星和马如龙身边。
取得了证据的韩星刚要有所动作，却被军方高层以韩星在非洲未经许可动用中子弹的名义，把韩星和他的朋友们一起送入监狱，韩星被叛处死刑。不知情的林清雅、林正祥百般努力，试图营救，未果。
临刑前，董小方带着一帮日本忍者营救了韩星一帮人，并劝说韩星与其一起为日本人做事，韩星严辞拒绝，被董小方关押。但冯倩倩却在韩星的精心策划下，借助家传的功夫逃出，找到林清雅、林正祥，并找到了隐藏好的证据。
取得证据地林清雅、林正祥尚未来得及动手，董小方已伙同刘一舟。挟持韩星等人狗急跳墙，动用特权，以执行巡逻任务的名义，带着自己多年来培植的党羽，驾094核潜艇出逃投敌。
在艇上，韩星惊讶地发现，枊雅智父女也在艇上。原来枊氏父女是日本极右翼组织的间谍。多年来潜伏在中国，目的有两个：一是为了获取中国的国之利器—核潜艇的秘密。二是他们利用医生这个职业作掩护，大量采集中国人地基因样本，研制一种叫“sars”二号的基因病毒武器，专门针对华人。此种病毒中国2003年流行“sars”一号传染性更强、更难防治、也更阴毒。病毒不会致死，却能够让感染者很快变成植物人，一旦传染开，中国国力尽失。危在旦夕。枊雅智当初施美人计接触韩星，就是因为发现韩星有可以让植物人康复地特效药，王子之吻。但是，董小方投靠日本后，枊氏父女知道了药物的秘密，知道这种药物极难量产，不足以破坏他们的阴谋，便放弃了对韩星的工作。
韩星知道这些阴谋。特别是知道“sars”二号已在日本本土量产，并将于第二天晚上向中国传播，韩星心急如焚，却无计或施。
天明，潜艇进入日本海海域，正式浮出水面。悬挂日本国国旗，日本政府对此表示欢迎，迫不及待地宣布将094潜艇纳入日本海军编制。国之利器落入人手，中国的国际地位一落千丈，却无可奈何。韩星痛骂董小方，董小方不为所动。
这时，韩星惊讶地发现，艇上刘亚洲等叛**人纷纷昏倒，原来，董小方使用了他们曾经用来对付韩星的“浅蓝色海豚”**。
董小方和他的一众同伴制服了枊氏父女。释放了韩星。并解开谜底。原来，董小方和楚云儿都是中国国家安全局地海外特工。对炎黄的种种措施。都是为了骗取日本人的信任，最终利用自己研制的“王子之吻”技术，换得了日本人的核心机密。老兵之所以能够通过密道进入基地，也是董小方的精心策划，他料定必会有此结果。但董小方唯一没有计算到的，却是楚天明会如此刚烈，因为女儿投敌失节自杀。楚云儿为了国家利益，付出了极大的牺牲。
在日本翼政府即将发动生物袭击地最后关口，董小方决定，利用核潜艇上的百枚核弹核平日本，消灭病毒。他把手放在了核按扭上，目标，也锁定了日本诸岛。
韩星因中子弹一事改变观念，认为董小方此举是反人类，劝董小方三思。董小方劝说韩星，潜艇已并入日本海军编制，他本人是日本籍，此举对中国并无危害，日本只能吃哑巴亏，国际社会也无话可说。而且，国家在危难关头，不是你死就是我亡。
董芳芳附议韩星的意见，并且说，她的新成果，就是二代王子之吻，已经在研制成功并在海州炎黄制药量产，且并不昂贵，日本生物武器的威胁不足为患。
最终，董小方被说服，潜艇回归中国。日本朝野震动，但并不敢拦截或者攻击满载核武的核潜艇。
回国后，病毒已经小范围流行。依靠王子之吻，疫情终于得到控制。而日本政府使用生物武器攻击中国一事，也因受韩星感动而洗心革面地枊雅智提供证据而大白于天下。之后，枊氏父女切腹自杀。
日本政府因犯众怒，被联合国制裁，美国有心阻挠，但面对国际国内正义的呼声只能放弃。中国以核武为后盾出兵日本，清查大规模杀伤性武器，解除日本武装，成为占领国，并扶值亲华政府。日本在百年之内不再能够对中国产生威胁。
韩星、林清雅、谈晶晶，还有董小方兄妹和他们的配偶，钱玉成楚云儿夫妇，经此一疫，已不再适在中国公开露面，便移居非洲基地，重建了一个世外桃源，安度余生。
至此，全书完。