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1784年11月25日，潘振承还没有赶到东印度公司广东管理委员会，一个噩耗便传来，被炮击的伤者死了。
血案变成了命案，事情越来越复杂，潘振承已经没有太多的时间去琢磨背后所谓的阴谋，眼下穆腾额是要皮古交出凶手。在穆腾额秘书的监督下，潘振承带领着黄埔港的行商们，一行人穿着官服，浩浩荡荡地走向东印度公司广东管理委员会。管理委员会的人一通报，皮古压根就没有在管理委员会。原来皮古担心广东巡抚孙士毅不分青红皂白抓走自己，那样管理委员会就乱成一团，今年的贸易就没法做了。
潘振承现在必须找到皮古，否则没法跟穆腾额交代。穆腾额现在希望命案能在粤海关解决，一旦两广总督孙士毅插手，那问题就更复杂了。潘振承跟管理委员会交涉，表示见不到皮古，穆腾额就不让行商们跟洋鬼子做生意，也不会发放出港牌照，到时候大家都做不了生意，管理委员会的一名委员这才答应带行商们找皮古。
穆腾额已经跟秘书交代过，跟皮古等人谈话一定要小心谨慎，尤其是1780年绞死法国人之后，洋鬼子对交出凶手很是忌惮，他们意识里认为只要交出凶手，不经过任何审判程序，中国官员就凭着杀人者死的观点，将洋人给杀了。潘振承一行很快就见到了皮古，穆腾额的秘书尽量控制自己的情绪，调整自己说话的语气，希望皮古能够交出“休斯夫人”号的炮手，只要将炮手带到广州巡抚衙门审讯，一切生意照常。当然，新来的巡抚孙士毅兼署两广总督，是一位进士出身的文人，刚刚为乾隆皇帝编撰完四库全书，乾隆皇帝很高兴，就让这位进士文人来到广东，孙巡抚非常注重礼数纲纪，所以一定会按照程序审理命案的。
皮古这个人非常多疑，尽管穆腾额的秘书费尽口舌，表示不要将命案扩大化，可是这位管理委员会的主任依然不太信任大清帝国的官员。皮古自认为炮手已经逃匿，现在海关衙门是一定要拿人的，那么管理委员会只能找一个替身去满足海关衙门，甚至是满足巡抚衙门。皮古希望能够用替身的方式让巡抚衙门开庭审理，可一旦交出替身，替身的安全问题基本得不到保证，完全有可能不经审理就被杀头。
一个更为不幸的消息让皮古如坐针毡，受炮击重伤的另外一个中国人，就在潘振承一行跟自己交涉的时候，也死了。第二个人的死让中国人越来越愤怒，死亡的信息快速地传到了巡抚孙士毅的耳朵里。孙士毅立即派人给穆腾额传话，一定要将炮击的凶手抓住，如果英格兰人不交出凶手，一切后果将由英格兰人自己负责。
皮古现在越来越感到这件事棘手，对潘振承一行施行拖延战术。
11月25日晚些时候，皮古给海关衙门一个明确的答复“休斯夫人”号不是东印度公司的船只，管理委员会不能对这艘商船负责，所以也就不能交出炮手。穆腾额听到皮古的话眼珠子差点儿没掉出来，立即派出自己的秘书，一定要让皮古交出凶手。潘振承跟穆腾额的秘书再次找到了皮古。
皮古非常无奈地告诉潘振承一行：“我们对我国的私商船是无权过问的，因此在这个问题上，‘休斯夫人’号的大班乔治？史密斯，比我们更适合于去满足你们的要求。”皮古最后抛出一句话：“我们只做调解人，假如你们愿意保证在商馆审讯一个人而不会有更多的要求，我们可以劝说乔治？史密斯把一个人交出来审讯，其他的事，都不在我们的权限之内。”
英格兰人简直就是拿穆腾额开心，在中国审讯嫌疑犯从来都是在官府衙门，没有听说过在商馆进行审理的。千百年来，公堂之外审理都是滥用私刑，无论是在法律上还是老百姓，都不会承认审判结果。英格兰人炮击打死中国人，居然还跟中国官府讨价还价，审判地点都要在商馆，蔑视中国法律以及主权尊严到了极致。皮古甚至厚颜无耻地提出交出一个人，皮古说的这个人一定是替身，难道在英格兰有人犯罪了就可以交出一替身了事？太荒唐可笑了。
皮古觉得交出一个人替代炮手去接受中国政府审判，这样的事情在他看来并不奇怪，而且是非常普遍的做法，并且他已经见过这样的处理办法。看样子英格兰殖民者打着公正、法律的幌子，没有少干过违法甚至违背人伦的勾当，替身的命在他们的眼里就不是命，甚至可以拿一笔钱去买来。潘振承告诫皮古，现在英格兰人杀死的是中国人，并且炮手已经跑了，人也死了，大家都知道怎么回事，还用替身是不可能的。
潘振承明确地告诉皮古：“中国官员一直对生意人很歧视，在读书人眼里，商人跟妓女差不多，所以生意人有钱了都喜欢买个官衔，肯来商馆的官员品级都是很低的，低品级的官员没有资格审判这样的命案，所以凶手一定要到广东巡抚衙门的公堂去审理。退一步讲，只要炮手被带到商馆，南海县的县令就会命令衙役将凶手带走。”
皮古一听南海县令要派衙役到商馆拿人，马上就摇头，坚决抗议潘振承一行将官兵带到商馆，那样一来整个欧洲商人都会很震惊。一旦这样的先例一开，以后广东的衙门随时都可以到商馆抓人，这样一来欧美商人的安全就得不到保障。皮古甚至威胁潘振承：“如果你们坚持自己的观点，事情就无法解决，因为我们不能把任何人放在我们觉得会发生危险的状态之下。”洋鬼子的逻辑是多么的荒唐，他们杀人之后，居然担心广东巡抚审判凶手是危险的，洋鬼子的命难道就比中国人的金贵？
凶手没有拿到，孙士毅生气了，派出南海县令亲自出马抓人。
26日晚上11点，英格兰人已经睡了，潘振承带着南海县令以及几个跟班，摸黑来到了皮古睡觉的商馆。皮古对县令深夜的突然造访很惊讶，不过县令告诉皮古，官方暂时不想动用武力，现在案子还没有查清，所以待在商馆的乔治？史密斯不能离开广州逃跑，在这三四天内一定要待在商馆，方便官府问话。
孙士毅一看乔治？史密斯这老小子乖乖地待在商馆，心想：跑了和尚跑不了庙，只要抓住这家伙，自然就能抓住开炮的炮手。当天晚上，孙士毅签了秘密逮捕令。27日，天还没有放亮，南海县令就带着一帮衙役围在商馆周围，然后派出一人充当潘振承的伙计，这伙计告诉乔治？史密斯，说潘老板有信给他。乔治？史密斯在被窝里睡得热热乎乎的，以为潘振承的信是给自己出主意开溜。衣服都还没有来得及穿好的乔治？史密斯就光着脚丫子就跑来开门，衙役们一哄而上，将乔治？史密斯五花大绑给押走了。
乔治？史密斯被逮捕的消息迅速传遍了黄埔港，皮古开始煽动欧洲人团结起来，要欧洲商人们跟中国政府对抗，以确保欧洲人在黄埔港的安全。穆腾额听到这个消息，立即派兵丁把守住通往码头的道路，下令停止广州与黄埔港之间的一切往来。英格兰人陷入恐慌之中，通事、行商都关门在家搂着小老婆亲热去了，不想管英格兰人的烂事。
孤立的皮古开始联络欧洲以及美洲商人，说在英格兰的法律下，一个人犯法，由本人负责；但是中国的习惯跟法律却不一样，中国有株连的法律，一旦某个人犯罪，他的亲属同僚都可能承担连带责任，甚至皇帝不高兴了，可能十族都要被杀光。皮古这一煽动，黄埔港的洋鬼子陷入了恐慌状态，尤其是兵丁包围了所有商馆，贸易也全部停止，这样一来洋鬼子都被卷入了命案的漩涡。
恐慌中的洋鬼子并没有立即站到皮古一边。穆腾额非常恼火皮古的行为，这个软硬不吃的家伙是铁了心要跟自己斗到底。那好，就让把守的兵丁将各国商馆分割开来。穆腾额的举动给了皮古一个更好的煽动理由：“你们哪一位敢说现在自己是安全的？按照中国人的思维习惯，以及他们野蛮的法律，每一个人随时都可能被指控，要为他的同僚或者下属承担连带责任，当然首先牵连的是英格兰人，可是英格兰商船上有法国、美国的雇员，这样一来，这样的株连就会蔓延到整个欧洲以及美洲商船。”
法国人、美国人、荷兰人、丹麦人迅速被皮古的煽动动摇了，都摒弃前嫌，团结起来支持英格兰人。欧洲人跟美洲人的行动很快令广东巡抚孙士毅震惊：洋鬼子下令各船将驳艇配备人员武装起来，洋鬼子们都扛着长枪火炮，直奔英格兰人的商馆。欧洲人甚至命令两艘停在广州的驳船开出。但是海关军队已经封锁了交通，欧洲人甚至叫嚣：“当前不是拘守细节的时候，将舢板船配备人员并武装起来。”
孙士毅已经意识到问题正在恶化，剑拔弩张的黄埔港成了一个火药桶。一旦欧洲人的舢板船集结到黄埔港，荷枪实弹的欧美人完全可能在黄埔港打垮粤海关的部队，这样一来就不是两个人的命案那么简单。孙士毅马上派出快马给穆腾额送信，让穆腾额告诉东印度公司广州管理委员会，乔治？史密斯是去广州配合调查，很快就被送回来。
皮古已经掌握了准确信息，欧美的舢板船武装很快就能开到黄埔港，只有对粤海关以及广东巡抚进行武力施压，才能确保乔治？史密斯的绝对安全，也才能教训中国人，让他们以后不能随便逮捕违法乱纪的欧美人。皮古认为穆腾额捎带的巡抚口信只是为了平息黄埔港的骚动，这是广东巡抚孙士毅争取时间调动军队的诡计。
欧美商人的舢板船在江面上呼啸而至。粤海关的水师部队警告欧美舢板船，希望他们能够克制，不要硬闯巡逻船的封锁线。而激动的欧美舢板船把帝国水师部队的警告当成耳边风，他们不顾一切突破封锁线，甚至对着拦截他们的水师巡逻船直冲过来。水师巡逻船在警告无效的情况下，向舢板船开枪射击。在黄埔港外围，帝国水师巡逻船跟欧美舢板船进行了猛烈的交火，舢板船上已经没有重武器，火力上占不到优势，帝国水师巡逻船也是老套的火枪，双方纠缠到晚上11点，欧美舢板船武装人员才趁天黑赶到了黄埔港。黄埔港的空气完全被紧张的对峙凝固，战争一触即发。
孙士毅震怒了，马上写了命令传到粤海关。
穆腾额现在已经是焦头烂额，粤海关军队接管之后，欧美商人已经完全团结在一起了。贸易已经停止了，一旦僵局继续，甚至恶化，黄埔港硝烟弥漫的那一天，也就是穆腾额抄家问斩的那一天。现在粤海关是帝国唯一的对外窗口，也是内务府跟皇帝的钱袋子，钱袋子没有了，自己的人头恐怕也就没有了。
孙士毅的手谕措词强硬。按照现在黄埔港的处境，一旦孙士毅的手谕公布，更会引起洋鬼子的反弹。现在两广总督又换人了，新任两广总督舒常屁股还没有坐热，乾隆皇帝就将舒常调回北京担任工部尚书，新委派的两广总督还没有到任，孙士毅就暂时代理两广总督，现在孙士毅可以说是两广地界上绝对的一把手，他的手谕还是要执行的。
现在码头处于戒严状态，中国商人都纷纷躲了起来，怎么样才能把孙士毅的手谕传达给洋鬼子呢？最后穆腾额只有派一个下属到码头上去溜达，假装散步，这样一来洋鬼子也不会怀疑，对方也不会开火。洋鬼子见有海关衙门的人到码头上来散步，赶紧想法子接近。海关衙门的官员从来就没有真正将洋鬼子当人看过，看到洋人就高昂着头。
广东巡抚兼署两广总督孙士毅谕令英格兰人头目及其余英格兰人知照：船长威廉姆斯的船开炮时，杀死本地居民一人，无论是有意或无意，此人必须出庭受审，以符体制。现已逾三天，尔等仍未将该炮手送来，足以证明尔等有违法令，为慎重起见，仍将乔治？史密斯扣押城内，彼已允去函黄埔，要求该炮手出庭受审，该炮手到后，立即将乔治？史密斯送回。
孙士毅的谕令本已将政府的态度说清楚，可能是他对洋鬼子武装驳船到黄埔港的行为非常生气，在谕令的结尾，孙士毅的态度突然异常强硬：本官劝令尔等安分守己，并遵从本谕令，不得有任何违抗表示，如尔等拒不遵令，本部院即令兵勇沿河直至虎门排列枪炮，堵塞尔等退路，必使尔等遵照律令而后已。尔等试想有何力何能，敢于违抗干犯我朝法令，尔等应再三思之。勿贻后悔莫及。
现在没有人能够理解孙士毅的压力。孙士毅这个人仕途非常坎坷。乾隆二十六年中进士，从知县、内阁秘书开始干起，好不容易熬到了云南巡抚。云贵总督李侍尧的贪污案爆发，乾隆皇帝对身为云南巡抚的孙士毅居然没有揭发李侍尧非常不爽，马上把他的巡抚官帽给免了，还发配到新疆伊犁。孙士毅在伊犁几年，乾隆皇帝听说他很清廉，于是调他回北京编撰四库全书，四库全书编完，乾隆皇帝才让孙士毅外出为官，出任山东布政使。这一次很快调任广西巡抚，不到一年工夫又调任广东巡抚。就在黄埔港命案前，孙士毅卷入了一场惊天大案。