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就在朱由榔厉兵秣马，全力整编磨合水师的同时，清远城攻防战已经轰轰烈烈的打了近一月，刚入城时，岭南三忠在江口设置木栅预备着李成栋的攻击，义民首领之一霍师连则率舟师堵截正在向清远推进的李成栋部。
岭南三忠原本认为清军不善水战，所以水师几乎全部出战，力求在北江上直接将清军打退，但这一次三忠失算了，他们遇到了水战专家施福，施福部五千水兵曾是郑芝龙手中号称大明最为精锐的水师。
明军义师不论是装备还是战斗技巧都差了施福部水师一筹，外加轻敌，以致最后大败，水师统领霍师连战死，三四千水师部队几乎全军覆没。
江口一战使得义军水师大败亏输，施福指挥水兵将江口木栅一举烧光，然后顺利抵达了清远城下，水师战败，岭南三忠收集残部，退入城中固守，几天之后，李成栋亲自带领陆师副将张月、马宝等包围清远，面对来势凶猛的清军，岭南三忠以陈邦彦为首，充分发挥了模范带头作用，全身披甲，手执刀剑立在城头，始终坚持在战斗的第一线，昼夜登城防守，亲自坐镇督战并组织每一轮的攻势。使得清军每次冲锋都会带来不小的伤亡。
义勇是无饷无粮的，都是为了抗虏自愿从军的义民百姓，不过军队战力的维持离不开粮食，义军人数一两万，几乎全靠募捐或者义民自带粮食，军中十分缺粮，陈邦彦、张家玉、陈子壮等义军首领自起兵后，每日只吃一顿饭，夜不安枕，与将士同甘共苦，在清军围城期间，为弥补守城兵力的不足，清远城内十五岁以上、六十岁以下的汉儿，全部编入守城部队中。在陈邦彦的命令下，太原城内所有的房屋墙壁全部打通，便于义军在城中的调动，因为缺粮缺水，城内无论军民，都实行严格的粮食和饮水配给。全城军民万众一心，同仇敌忾，誓与鞑子抗争到底。所以清兵攻势虽猛，清远城头的‘明’字方样牙旗却一直屹立着。
李成栋麾下老卒都是关中大汉，人人披甲，善打硬仗、狠仗而著称。不过就是如此强悍的军队，在他奋力指挥攻打下竟一连强攻了八天也没能攻入城内，明军大部分船只虽然被烧毁了，城外的几处炮台也被己方占领，但那可恶的清远城门就是打不进去。
其炮火不可谓不猛烈，不过城中的义军也不是吃干饭的，清远城楼是用砖木筑成，一旦被清军的火炮击中，就会发生局部崩塌，义军开始时，每当城楼受损后就立即加以修复，后来，一名义民建议陈邦彦用城中居民的棉被和装满糟糠的麻袋一层层地铺到敌楼上，当清军的炮弹打在这些麻袋上时，冲击力可以明显减轻。陈邦彦令守军试之，效果极好，这样一来，就大大减轻了清军火炮的攻击力。
火炮奈何不得清远城墙，李成栋又想了别的办法，比如将原来的攻城木楼作了改进，将其加到略高于清远的城墙，利用车轮直接运送到城下，这样一来，清兵就可以直接沿着木楼上城。然而，义军用火油直接泼下，再从城头丢下火把，将清军这些攻城木楼烧毁。
半个月内李成栋用了好几种攻城战法，都没有奏效，他恼羞成怒之下，向城中的陈邦彦送出了一封信，信中声明陈邦彦的两个儿子和尹、虞尹与妻子何氏现在在自己的手上，限陈邦彦必须三日内解散手中的义师，投降大清，否则的话，家人的安全必将无法得到保全。
拿到李成栋的这封信后，陈邦彦没有立即写信答复，说一些请不要伤害我的家人或再给我一点时间考虑之类的话，读完此信的他只是沉默了片刻，就拿起了桌上的笔在信的末尾写上了几个字，然后送入中军厅给其他义军首领传览一遍，众人看完不由肃然起敬，释疑后，陈邦彦便打发李成栋的使者回去复命了。
得知陈邦彦并未单独回信，更不曾向使者询问自己家属的境况，李成栋感到很奇怪：陈邦彦是个冷血动物吗？竟然对自己的妻儿没有表露一丝的关切之情！强烈的疑惑和好奇促使着李成栋急不可待想要知道陈邦彦在那封信的末尾写了些什么。
于是他立刻拆开了信封但见一行大字映入眼帘：“妾辱之，子杀之，身为死臣，义不私妻子也！”
原来此人自从起兵以来就没有打算活下去！对于一个将自己的一切都交给黎民社稷的人，李成栋十分清楚家属妻儿早已成为了他们的身外之物。无情未必真豪杰，怜子如何不丈夫！但是古往今来又有几个人能够为了天下间的所有百姓，为了和自己并不相干的人亲手斩断身上亲情的羁绊？
李成栋对陈邦彦的这种决心深感敬佩，所以他最终没有为难陈邦彦的妻儿。
攻城战依然在继续，随着清军围城的时间越来越长后，粮食水源日见减少，缺粮缺水的情况越来越严重。
清远城四周，沦陷区内老百姓从偷偷出城的义军口中得知城中的情形后，纷纷给城中偷送粮食，李成栋得到军报，惊怒异常，于是就在清远城四周布置游骑，斩杀送粮的百姓，杀了就把人头挂上，企图借此吓唬百姓，让他们望而却步，事实上，百姓们并没有被吓住，三忠及其义军的坚持抗鞑给了他们翻身的希望，白里清军围的严，入不了城，他们就趁着黑夜，人背肩扛，毛驴驮着去给城中的军民送粮，零零散散的，积少成多，使城中缺粮缺水的情况暂时得到了缓解。
PS：历史上的陈邦彦算不上明臣，不过是个秀才，却才华横溢，意气豪迈，具有文武之才。曾上书弘光皇帝，陈述三十二事，乃是治国安天下的妙策，可以挽大厦之将倾。弘光皇帝哪有那个心思？当废纸丢在了一边，陈邦彦壮志难申。隆武时，隆武皇帝读罢三十二事拍案叫绝，正是当时治国要务。可惜隆武处处受制于郑芝龙，傀儡皇帝一个，只能眼睁睁的看着大明疆土一片片沦陷，却无计可施。
明永历元年，清顺治四年，永历皇帝朱由榔被清军李成栋部围与桂林，陈邦彦联合陈子壮，张家玉等人，起兵攻广州，以围魏救赵之计，逼李成栋回援。桂林最后虽解围，陈邦彦却不幸兵败被执，惨遭凌迟，其子皆战死殉国。
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